As desvantagens são divididas entre as temporárias e as definitivas:
Temporárias:
- A dieta líquida obrigatória dos primeiros 15 dias e depois a segunda quinzena com dieta pastosa;
- Restrições às atividades exercidas como trabalho e esforços físicos, mais nos primeiros 7 a 10 dias;
Definitivas:
- Re-educação alimentar obrigatória. Os pacientes depois da operação devem comer devagar, mastigando bem antes de engolir, sem ingerir sucos simultaneamente (apenas 20 a 30 minutos depois) e colocando pouco alimento de cada vez na boca sob pena de sentir empachado ou mesmo ter náuseas ou vômitos;
- O paciente deverá tomar diariamente, dependendo se a técnica operatória tiver sido o Bypass gástrico ou uma derivação biliopancreática, um comprimido de vitaminas para o resto da vida. Alguns pacientes jocosamente não consideram esta uma desvantagem pois alegam que irão trocar um remédio para hipertensão e/ou para diabetes e/ou para colesterol elevado ou outros por uma vitamina e assim estariam no lucro;
O fato é que existem mais restrições antes do que depois da operação. Os pacientes passam a ter uma vida com menos limitações principalmente se comparar mobilidade, qualidade de vida e resistência física.